Im Januar 1959 flieht Diktator Batista von der Insel und Castro wird zunächst Verteidigungsminister danach Ministerpräsident von Kuba. Zuerst verfolgte er noch eine gemäßigte Politik und erhielt die Beziehungen zu den Vereinigte Staaten Amerika aufrecht. Die UdSSR wusste aber, dass in Castros Kabinett mehrere Anhänger des Kommunismus saßen (u.a. Ché Guevara). In dem Mai 1959 gab es nach einigen inoffiziellen Verhandlungen die ersten offiziellen diplomatischen Beziehungen zur UdSSR. Kuba hoffte, damit ein Beispiel für Lateinamerika zu setzen und so den Kommunismus in Süd- und Mittelamerika publik zu machen. Die Vereinigte Staaten Amerika waren damit nicht einverstanden. Sie schnitten Kuba die Ölzufuhr ab und untersagten Importe aus Kuba. Die UdSSR reagierte auf dieses Embargo mit der Zusage wirtschaftlicher Unterstützung. Fidel Castro wurde auch militärisch unterstützt, so dass am 17. April 1961 ein amerikanischer Invasionsversuch in der Schweinebucht scheiterte. Daraufhin bereiteten die Vereinigte Staaten Amerika verschiedene weitere Möglichkeiten zur Invasion vor.

Von 1959 an stationierten die Vereinigte Staaten Amerika in Italien 30 und in der Türkei 15 Atomraketen - unweit der Südgrenze der UdSSR - die auf die UdSSR Absichtten.

Im April 1962 werden die amerikanischen Thor- und Jupiter-Atomraketen in der Türkei einsatzbereit. Wegen ihrer leichten Angreifbarkeit durch ungeschützte Aufstellung konnten sie ca. zu einem atomaren Erstschlag genutzt werden.

Mai 1962 begann die UdSSR, unter dem Decknamen Operation Anadyr, in dem Geheimen auf Kuba Atomraketen zu stationieren. Die Gründe dafür waren zu dem einen die Verteidigung gegen eine Invasion Kubas und zu dem anderen um eine strategische Überlegenheit der Vereinigte Staaten Amerika bei der Zahl der Interkontinentalraketen auszugleichen und Drittens aufgrund der Stationierung von US-Atomraketen in der Türkei und Italien. In dem August 1962 entdeckten US-Aufklärer erstmals Raketenabschussvorrichtungen auf Kuba, hauptsächlich in der Provinz Pinar del Río, an Atomraketen wurde noch nicht gedacht, weshalb das ganze auch nicht weiter verfolgt wurde. Die eigentliche Krise fand vom 14. bis zu dem 28. Oktober statt.

Auf neuen Photos wird der direkte Beweis für die Existenz von Atomraketen erbracht.

John F. Kennedy erfährt davon, und beruft sofort seinen Beraterstab (Executive Commitee , ExComm) ein. Verschiedene Möglichkeiten der Reaktion werden erörtert, darunter Hinnehmen der Stationierung, diplomatische Lösungsversuche und die militärischen Möglichkeiten der Seeblockade, des Luftangriffes und der Invasion. Alle Beratungen und Ergebnisse werden vor der Öffentlichkeit geheim gehalten.

Weitere Luftaufnahmen beweisen die Existenz von mindestens 16, höchstens 32 Raketen (SS-4 und SS-5) mit einer Reichweite von bis zu 1600 km. Diese Raketen können die wichtigsten Industriestädte der Vereinigte Staaten Amerika sowie Washington auslöschen. Außerdem werden IL-28 Bomber montiert.

Der russische Außenminister Andrej Gromyko ist zu Besuch in den Vereinigte Staaten Amerika, er bestreitet auf Anfrage jegliche Existenz von Offensivwaffen auf Kuba.

Kennedy und das ExComm entscheiden sich zu einer Seeblockade Kubas, trotz Proteste der Hardliner unter Kennedys Beratern, die eine direkte Invasion fordern.

Die Regierungen von Kanada, Großbritannien, Frankreich und Deutschland werden informiert.

Einer der wichtigsten Tage der Krise: die Streitkräfte werden in erhöhte Alarmbereitschaft (DEFCON III) versetzt, weitere Soldaten werden zur Vorbereitung einer Invasion nach Florida verlegt, und ungefähr 200 Schiffe rund um Kuba in Stellung gebracht. In einer Fernsehansprache um 19.00 Uhr Ortszeit verkündet Kennedy den Beginn der Seeblockade für den 24.10. um 10.00 Uhr. Ferner fordert er den sowjetischen Regierungschef Nikita Chruschtschow zu dem Abzug der Raketen von Kuba auf und droht in dem Falle eines Angriffs mit einem atomaren Gegenschlag.

Die Seeblockade beginnt, es kommt zu einer ersten Zuspitzung, da eine mögliche Eskalation befürchtet wird, sollten die sowjetischen Schiffe versuchen, den Sperrgürtel zu durchbrechen. Doch alle sowjetischen Schiffe drehen ab, nach dem der Radius der Blockade verkleinert wurde, um ihnen mehr Zeit zu geben. Trotzdem ist keine Kooperationsbereitschaft der russischen Regierung zu erkennen.

Bei einer Sitzung des UNO-Sicherheitsrates legt der amerikanische Vertreter Adlai Stevenson die Bilder der Aufklärungsflugzeuge von Kuba vor. Er fordert den russischen Vertreter Sorin auf, klar Stellung dazu zu nehmen. Dieser verweigert den Kommentar.

Kennedy erreicht ein Schreiben von Chruschtschow, im dieser anbietet, die Raketen von Kuba abzuziehen, falls eine Invasion von Kuba durch die Amerikaner ausgeschlossen werden würde. Dies wird ihm von Kennedy zugesichert.

Der entscheidende Tag der Kuba-Krise. Beide Konfliktpartner sind sich über den weiteren Verlauf unsicher. Morgens wird in Amerika ein Test einer Trägerrakete durchgeführt, über den das Excomm nicht informiert war. Ein amerikanisches Aufklärungsflugzeug wird über Kuba abgeschossen. Der dritte Weltkrieg, ein atomarer Konflikt, steht unmittelbar bevor. Doch Kennedy erklärt sich noch einmal zu weiteren Verhandlungen bereit, er teilt der Sowjetunion mit, dass er auch einem Abzug der amerikanischen Raketen, die in der Türkei stationiert waren, zustimmen würde. Diese Möglichkeit hält er vor den meisten Mitgliedern des ExComm, die fast alle auf Krieg pochen, geheim.

Chruschtschow lenkt ein und erklärt sich bereit, die Raketen zu entfernen. Die Krise ist beendet.

Es gibt keinen Sieger, doch folgende Bedingungen haben sich die beiden Staaten auferlegt: Abzug der russischen Raketen aus Kuba, Verzicht auf eine amerikanische Invasion, Abzug der amerikanischen Raketen aus der Türkei (dies geschieht etwas später und unter Ausschluss der Öffentlichkeit, um amerikanische NATO-Partner nicht zu brüskieren und um einen innenpolitischen Propagandaeffekt zu erzielen). Die Kuba-Krise verdeutlichte ganz klar die Gefahr einer nuklearen Auseinandersetzung zwischen den beiden großen Supermächten des Kalten Krieges. Sie hatte zur Folge, dass beide Länder über Möglichkeiten zur Krisenbewältigung nachdachten, es wurde ein so genannter Heißer Draht zwischen Washington und Moskau eingerichtet. Es gab später auch nie mehr direkte Konflikte der Supermächte, ca. Stellvertreterkriege. Außerdem wurden in verschiedenen Abkommen eine gegenseitige Rüstungskontrolle und Atomwaffensperrverträge festgeschrieben.

Trotz dieser Fortschritte wurde das Wettrüsten nach der Kubakrise noch angeheizt. Auf sowjetischer Seite war man bestrebt, den Rückstand hinsichtlich der Anzahl von Interkontinentalraketen auszugleichen, was auch 1968 mit der Herstellung des strategischen Mächtegleichgewichts gelang. Auf US-amerikanischer Seite überwog bei den Regierungsberatern die Auffassung, die Vereinigte Staaten Amerika seien aus der Krise gestärkt hervorgegangen. Sprichwörtlich wurde der Ausspruch Dean Rusks: "Wir standen uns Auge in Auge gegenüber, und ich glaube, der andere hat geblinzelt." Das sollte zu der Überzeugung führen, dass eine harte Handhabung eines Konfliktes zu einem Erfolg für die Vereinigte Staaten Amerika führen kann. Nicht zuletzt deswegen wird angenommen, dass die unnachgiebige Haltung der Vereinigte Staaten Amerika während des Vietnamkriegs eine indirekte Folge des Ausgangs der Kubakrise war.

Mit den Ereignissen der Kuba-Krise beschäftigt sich der Film Thirteen Days und das gleichnamige Buch von Kennedys Bruder Robert.

Zitate: "Man solle die Amerikaner spüren lassen, wie es sei, von feindlichen Nuklearbasen umgeben zu sein" (Chruschtschow in dem Mai 1962 zu seinen engsten Vertrauten angesichts der in der Türkei und Italien stationierten US-Atomraketen)

• http://www.dhm.de/lemo/html/DasGeteilteDeutschland/DieZuspitzungDesKaltenKrieges/UnzufriedeneRepublik/kubaKrise.html
• http://www.geschi.de/artikel/kubakrise.shtml
• http://www14.brinkster.com/kubakrise/
• http://www.peterhall.de/cuba62/cuba1.html